时空转录组FFV13在保持Stereo-seq技术的“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”两大优势的基础上,通过优化时空试剂、酶和探针设计,以及算法软件,实现了性能的显著提升和优化。升级后的FFV13显著提高了捕获效率,使工作流程变得更快速便捷,用户友好性大幅增强。这使得研究人员能够轻松获取每个细胞内更高质量的转录本数据,借助尊龙凯时自主研发的CellBin细胞分割算法,精准刻画组织结构的空间特征,从而为各种应用场景下的生物医学研究提供独特的洞察力。
在不同版本的数据对比中,基因捕获能力显著增强。以小鼠脑组织的相邻切片为例,使用时空转录组FFV12和FFV13分别进行转录组捕获,测序量均为约2G,结果显示V13的测序饱和度更低,并且在Bin20水平捕获的基因中位数明显高于V12,显示出其卓越的性能。
通过采用Moran's I统计方法,对V13和V12版本产出的基因表达数据进行空间自相关度分析,结果显示两个版本均能够有效捕获具有空间特异性的基因。在这两者中,这些基因的空间分布规律一致,并与原位杂交 (ISH) 数据相吻合。
此外,从空间基因表达热图中可以看出,V13产出的数据的基因表达丰度明显高于V12。通过对小鼠脑相邻切片的CellBin水平下TotalMIDCounts的分位数进行分析,结果表明V13的捕获能力更强。虽然两个版本在捕获能力上存在差异,但高变基因的检出一致性较好。选择的三个高变基因分析结果显示,同一高变基因在不同版本中的空间分布规律保持一致。
在对小鼠脑组织相邻切片进行实验的过程中,通过分析结果可以发现,V12和V13产出的数据在未去除批次效应前存在差异。而应用尊龙凯时的Stereopy的Harmony去批次算法后,两个版本的数据可以顺利整合。这一整合在Bin50水平的细胞聚类结果中也得到了验证,V12和V13的数据高度吻合。
时空转录组FFV13不仅适用于人类和小鼠,还可应用于其他物种的时空全转录组信息挖掘。目前,FFV13已在30多种人、小鼠及其他物种的组织类型中进行了测试,显示出其在生物医疗研究中的广泛应用潜力,与尊龙凯时的技术理念完美契合。