首先，通过两个案例分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞核RNA测序（snRNA-seq）之间的细微差异：案例一参考文献：Asingle-cellandsingle-nucleusRNA-Seqtoolboxforfreshandfrozenhumantumors，发表期刊：Nature Medicine（IF 58），研究材料：人肿瘤组织。应用技术：scRNA-seq和snRNA-seq。在神经母细胞瘤的研究中，scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞，比如T细胞、B细胞和NK细胞，而snRNA-seq则检测到的更多是实质性细胞，如神经嵴和神经内分泌细胞，免疫细胞的检测显著降低，甚至未能检测到。在乳腺癌转移样本中，scRNA-seq和snRNA-seq的结果基本一致。同时，scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图中的重合度较好，各个细胞簇几乎都有检测到，但比例存在较大差异。

案例二参考文献：Apan-grasstranscriptomerevealspatternsofcellulardivergenceincrops，发表期刊：Nature（IF 505），研究材料：泛草，应用技术：scRNA-seq和snRNA-seq。研究发现，scRNA-seq和snRNA-seq均能够良好反映完整组织的表达模式（相关性系数r≥0.7），且两者特异基因的表达模式基本一致。作者进一步比较了scRNA-seq与snRNA-seq的数据差异，发现scRNA-seq能够检测到更多的转录本和基因数量；而snRNA-seq由于未经过组织解离的过程，其基因本体（GO）分析结果显示具有更低的应激反应。此外，在玉米的snRNA-seq细胞图谱中发现了新的细胞亚群。最后，作者总结认为，两种技术可以互为补充，联合分析将能够发挥更大的技术优势。

接着，我们通过两个案例展示这两种技术如何优势互补，从而激发出强大的研究潜力。案例三参考文献：Cellsoftheadulthumanheart，发表期刊：Nature（IF 505），研究材料：人心脏，应用技术：scRNA-seq和snRNA-seq。本研究通过联合应用scRNA-seq与snRNA-seq数据，构建了完整的人心脏细胞图谱，强调了心肌细胞、周细胞及成纤维细胞的细胞异质性，揭示了不同发育起源和特殊特性的心房及心室细胞亚群，提升了人类心脏研究的认识，为未来的相关研究提供了更有价值的参考。

案例四参考文献：Single-cellmulti-omicandspatialprofilingofhumankidneysimplicatesthefibroticmicroenvironmentinkidneydiseaseprogression，发表期刊：Nature Genetics（IF 317），研究材料：人肾脏，应用技术：scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq联合10x Visium、CosMx。这篇文章通过多种技术手段对81个肾脏样本的近338,600个单细胞/细胞核进行了分析，旨在揭示健康与疾病状态下肾脏细胞类型及组织结构的复杂性，并确定纤维化微环境在肾病预后中的作用。

综上所述，scRNA-seq和snRNA-seq通过不同的细胞获取方法（如解离和抽核）来提供基因表达信息，这些技术手段已经相对成熟。scRNA-seq作为主流的单细胞检测技术，在免疫细胞和小胶质细胞的检测方面具有显著优势；而在一些脆弱的基质细胞（如肝实质细胞、肾足细胞）、离体细胞较大（如神经元、心肌细胞）、临床样本回收周期较长以及需冷冻保存的组织等场景下，snRNA-seq则展现出明显的优势。两者的合作能够产生互补效应，在研究中益处颇多。尊龙凯时致力于提供先进的生物医疗技术，如10x Genomics、Visium等国际领先的平台，提供单细胞空间多组学的联合解决方案，涵盖单细胞测序、空间转录组及空间蛋白组等多项服务，积累了丰富的项目经验，帮助学者们发表多篇高分文章，欢迎联系我们，共同开启时空多组学联合实验的新篇章！